Realizując porozumienie z Centralą Instytutów Konfucjusza (Confucius Institute Headquarters of China), Senat Uniwersytetu Gdańskiego stworzył Instytut Konfucjusza Uniwersytetu Gdańskiego, jako międzyuczelnianą jednostkę organizacyjną. Obecnie prowadzona jest wspólnie z Uniwersytetem Chińskiej Akademii Nauk Społecznych (UCASS). Głównym celem Instytutu jest propagowanie języka i kultury chińskiej poprzez ofertę dydaktyczną, prowadzenie badań naukowych i publikowanie ich wyników, organizację kursów językowych oraz imprez kulturalnych
Instytut funkcjonuje w strukturze Uniwersytetu Gdańskiego na podstawie porozumienia z 18 września 2014 roku zawartego pomiędzy Uniwersytetem Gdańskim i Centralą Instytutów Konfucjusza (Hanban) o wspólnym utworzeniu Instytutu Konfucjusza, oraz w oparciu o odpowiednie wspólne decyzje Chińskiego Uniwersytetu Nauk Politycznych Młodzieży Chińskiej i Uniwersytetu Gdańskiego.
Instytut, jako jednostka organizacyjna działająca w Uniwersytecie Gdańskim podlega Prorektorowi ds. Współpracy Międzynarodowej.