Profil kształcenia na kierunku to profil praktyczny. Oznacza to, że kształcenie odbywa się z uwzględnieniem zajęć służących zdobywaniu przez studenta umiejętności praktycznych. 

Absolwent studiów: pozna prawa rządzące obiegiem wody w przyrodzie i metody ich monitorowania; zdobędzie wiedzę w zakresie kompleksowego gospodarowania zasobami wodnymi w Polsce i Europie; pozna metody zarządzania procesami ochrony. Ponadto zdobędzie umiejętności: przeprowadzania i interpretacji pomiarów hydrologicznych, hydrochemicznych i hydrobiologicznych w terenie i laboratorium; sporządzania dokumentacji hydrologicznych; oceny zasobów wodnych i prognozowania zaopatrzenia w wodę ludności oraz niektórych działów gospodarki; oceny wartości ekonomicznej zasobów ożywionych i nieożywionych wód. 

Kierunek Gospodarka wodna i ochrona zasobów wód został utworzony od podstaw we współpracy z potencjalnymi pracodawcami. Zarówno cele i efekty kształcenia, jak i treści programowe zostały skonsultowane i opracowane w oparciu o wnioski z prowadzonego z pracodawcami dialogu. 

Głównym celem kształcenia na kierunku Gospodarka wodna i ochrona zasobów wód jest przygotowanie wykształconej wszechstronnie kadry dla administracji różnego szczebla oraz instytucji i laboratoriów, zajmujących się gospodarką wodną a także kadry zajmującej się ochroną zasobów wód (zasoby nieożywione i ożywione).