Od początku września 2016 r. Instytut Archeologii i Etnologii Uniwersytetu Gdańskiego prowadzi badania archeologiczne na terenie średniowiecznych ruin kościoła św. Mikołaja w Łebie. Wyniki wykopalisk mają w przyszłości umożliwić rekonstrukcję i ekspozycję całego obiektu. Średniowieczną budowlę jak i całe miasto pochłonęły w XVI i XVII wieku żywioły. Pozostałości zabudowy odsłonięto po raz pierwszy w 2015 roku. Obecnie zespół archeologów i studentów archeologii UG wydobył z wydm część wschodnią kościoła. W przestrzeni obiektu zlokalizowano miejsce ołtarza. Liczne znaleziska przedmiotów związanych z budownictwem być może pozwolą określić kształty okien i elementy dekoracji wnętrz. Wewnątrz kościoła zidentyfikowano również groby dawnych mieszkańców Łeby. Przyszłe badania antropologiczne pozwolą określić szczegóły ich życia.